nanoparticle builder

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.16.5%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20ast%0A%20%20%20%20import%20io%0A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20from%20ase.io%20import%20write%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.atoms_viewer%20import%20AtomsViewer%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.base_widget%20import%20BaseWidget%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.utils%20import%20ASEAdapter%0A%0A%20%20%20%20%23%20I%20disabled%20the%20controls%20in%20the%20GUi%2C%20because%20the%20style%20is%20not%20loaded%0A%20%20%20%20%23%20properly%20inside%20Marimo%20notebook%0A%20%20%20%20guiConfig%20%3D%20%7B%22controls%22%3A%20%7B%22enabled%22%3A%20False%7D%7D%0A%20%20%20%20return%20ASEAdapter%2C%20AtomsViewer%2C%20BaseWidget%2C%20ast%2C%20guiConfig%2C%20io%2C%20mo%2C%20write%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(ASEAdapter%2C%20AtomsViewer%2C%20BaseWidget%2C%20guiConfig)%3A%0A%20%20%20%20def%20view_atoms(atoms%2C%20model_style%3D1)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v%20%3D%20AtomsViewer(BaseWidget(guiConfig%3DguiConfig))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.atoms%20%3D%20ASEAdapter.to_weas(atoms)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.model_style%20%3D%20model_style%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20v._widget%0A%20%20%20%20return%20(view_atoms%2C)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20setup_cluster(%0A%20%20%20%20%23%20Basic%20parameters%0A%20%20%20%20symbol1%3D%22Au%22%2C%20%20%23%20Shell%2Fside1%20symbol%0A%20%20%20%20symbol2%3D%22Ag%22%2C%20%20%23%20Core%2Fside2%20symbol%0A%20%20%20%20method%3D%22cutoff%22%2C%20%20%23%20Method%3A%20'cutoff'%2C%20'hemisphere'%2C%20or%20'mixed'%0A%20%20%20%20crystal_structure%3D%22fcc%22%2C%20%20%23%20Crystal%20structure%3A%20'fcc'%2C%20'bcc'%2C%20or%20'sc'%0A%20%20%20%20%23%20Structure%20parameters%20-%20surfaces%20and%20layers%0A%20%20%20%20surface_specs%3DNone%2C%20%20%23%20List%20of%20(surface_tuple%2C%20n_layers)%20pairs%0A%20%20%20%20latticeconstant%3D4.09%2C%20%20%23%20Lattice%20constant%20in%20Angstroms%0A%20%20%20%20%23%20Method-specific%20parameters%0A%20%20%20%20cutoff%3D3.0%2C%20%20%23%20Cutoff%20distance%20for%20'cutoff'%20method%20(Angstroms)%0A%20%20%20%20axis_x%3D1.0%2C%20%20%23%20X%20component%20of%20hemisphere%20axis%0A%20%20%20%20axis_y%3D0.0%2C%20%20%23%20Y%20component%20of%20hemisphere%20axis%0A%20%20%20%20axis_z%3D0.0%2C%20%20%23%20Z%20component%20of%20hemisphere%20axis%0A%20%20%20%20ratio%3D0.5%2C%20%20%23%20Ratio%20of%20symbol2%20atoms%20for%20'mixed'%20method%0A%20%20%20%20vacuum%3D10.0%2C%20%20%23%20Vacuum%20padding%20around%20the%20cluster%20(Angstroms)%0A)%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Create%20a%20bimetallic%20nanoparticle%20cluster%20with%20different%20composition%20methods.%0A%0A%20%20%20%20Parameters%3A%0A%20%20%20%20-----------%0A%20%20%20%20symbol1%2C%20symbol2%20%3A%20str%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Chemical%20symbols%20for%20the%20two%20elements%0A%20%20%20%20method%20%3A%20str%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Method%20for%20atom%20distribution%3A%20'cutoff'%2C%20'hemisphere'%2C%20or%20'mixed'%0A%20%20%20%20crystal_structure%20%3A%20str%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Crystal%20structure%20type%3A%20'fcc'%2C%20'bcc'%2C%20or%20'sc'%0A%20%20%20%20latticeconstant%20%3A%20float%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Lattice%20constant%20in%20Angstroms%0A%20%20%20%20surface_specs%20%3A%20list%20of%20tuples%0A%20%20%20%20%20%20%20%20List%20of%20((h%2Ck%2Cl)%2C%20n_layers)%20pairs%20defining%20surfaces%20and%20their%20layer%20counts%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Default%3A%20%5B((1%2C0%2C0)%2C%206)%2C%20((1%2C1%2C0)%2C%209)%2C%20((1%2C1%2C1)%2C%205)%5D%0A%20%20%20%20cutoff%20%3A%20float%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Distance%20cutoff%20for%20core-shell%20method%20(Angstroms)%0A%20%20%20%20axis_x%2C%20axis_y%2C%20axis_z%20%3A%20float%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Components%20of%20axis%20vector%20for%20hemisphere%20method%0A%20%20%20%20ratio%20%3A%20float%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Fraction%20of%20atoms%20that%20should%20be%20symbol2%20for%20mixed%20method%20(0-1)%0A%20%20%20%20vacuum%20%3A%20float%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Vacuum%20padding%20around%20the%20cluster%20(Angstroms)%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20from%20ase.cluster%20import%20BodyCenteredCubic%2C%20FaceCenteredCubic%2C%20SimpleCubic%0A%0A%20%20%20%20%23%20Normalize%20crystal%20structure%20input%0A%20%20%20%20crystal_structure%20%3D%20crystal_structure.lower().strip()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Define%20crystal%20structure%20classes%0A%20%20%20%20structure_map%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22fcc%22%3A%20FaceCenteredCubic%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22bcc%22%3A%20BodyCenteredCubic%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22sc%22%3A%20SimpleCubic%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20crystal%20structure%0A%20%20%20%20if%20crystal_structure%20not%20in%20structure_map%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20valid_structures%20%3D%20%22%2C%20%22.join(f%22'%7Bk%7D'%22%20for%20k%20in%20structure_map.keys())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Invalid%20crystal_structure%20'%7Bcrystal_structure%7D'.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Valid%20options%20are%3A%20%7Bvalid_structures%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Get%20the%20appropriate%20cluster%20class%0A%20%20%20%20ClusterClass%20%3D%20structure_map%5Bcrystal_structure%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Default%20surface%20specifications%20if%20none%20provided%0A%20%20%20%20if%20surface_specs%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20surface_specs%20%3D%20%5B((1%2C%200%2C%200)%2C%206)%2C%20((1%2C%201%2C%200)%2C%209)%2C%20((1%2C%201%2C%201)%2C%205)%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Extract%20surfaces%20and%20layers%20from%20surface_specs%0A%20%20%20%20if%20surface_specs%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20surfaces%20%3D%20%5Bspec%5B0%5D%20for%20spec%20in%20surface_specs%5D%20%20%23%20Extract%20(h%2Ck%2Cl)%20tuples%0A%20%20%20%20%20%20%20%20layers%20%3D%20%5Bspec%5B1%5D%20for%20spec%20in%20surface_specs%5D%20%20%23%20Extract%20layer%20counts%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Crystal%20structure%3A%20%7Bcrystal_structure.upper()%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Surfaces%3A%20%7Bsurfaces%7D%2C%20Layers%3A%20%7Blayers%7D%22)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20surfaces%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20layers%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20symbols%20list%20from%20individual%20parameters%0A%20%20%20%20symbols%20%3D%20%5Bsymbol1%2C%20symbol2%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20axis%20vector%20from%20components%0A%20%20%20%20axis_vec%20%3D%20(axis_x%2C%20axis_y%2C%20axis_z)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20the%20cluster%20with%20the%20appropriate%20crystal%20structure%0A%20%20%20%20atoms%20%3D%20ClusterClass(symbol1%2C%20surfaces%2C%20layers%2C%20latticeconstant%3Dlatticeconstant)%0A%0A%20%20%20%20atoms.center(vacuum%3Dvacuum%2C%20axis%3D(0%2C%201%2C%202))%0A%20%20%20%20atoms.set_pbc(%5BTrue%2C%20True%2C%20True%5D)%0A%0A%20%20%20%20positions%20%3D%20atoms.positions%0A%20%20%20%20center%20%3D%20atoms.get_center_of_mass()%0A%0A%20%20%20%20if%20method%20%3D%3D%20%22cutoff%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dist%20%3D%20np.linalg.norm(positions%20-%20center%2C%20axis%3D1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20shell%20%3D%20np.where(dist%20%3E%3D%20cutoff)%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20core%20%3D%20np.where(dist%20%3C%20cutoff)%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.symbols%5B%3A%5D%20%3D%20symbols%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.symbols%5Bcore%5D%20%3D%20symbols%5B1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Method%3A%20cutoff%20%20%20cutoff%20%3D%20%7Bcutoff%3A.2f%7D%20%C3%85%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22%20%20shell%20atoms%20(%7Bsymbol1%7D)%3A%20%7Blen(shell)%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22%20%20core%20%20atoms%20(%7Bsymbol2%7D)%3A%20%7Blen(core)%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20elif%20method%20%3D%3D%20%22hemisphere%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axis%20%3D%20np.array(axis_vec%2C%20float)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axis%20%2F%3D%20np.linalg.norm(axis)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dots%20%3D%20np.dot(positions%20-%20center%2C%20axis)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20side1%20%3D%20np.where(dots%20%3E%3D%200)%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20side2%20%3D%20np.where(dots%20%3C%200)%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.symbols%5B%3A%5D%20%3D%20symbols%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.symbols%5Bside2%5D%20%3D%20symbols%5B1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Method%3A%20hemisphere%20along%20%7Baxis_vec%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22%20%20side1%20(%7Bsymbol1%7D)%3A%20%7Blen(side1)%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22%20%20side2%20(%7Bsymbol2%7D)%3A%20%7Blen(side2)%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20elif%20method%20%3D%3D%20%22mixed%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20N%20%3D%20len(atoms)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20indices%20%3D%20np.arange(N)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20np.random.shuffle(indices)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n2%20%3D%20int(round(ratio%20*%20N))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.symbols%5B%3A%5D%20%3D%20symbols%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.symbols%5Bindices%5B%3An2%5D%5D%20%3D%20symbols%5B1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Method%3A%20mixed%20nanoparticle%20(ratio%3D%7Bratio%7D)%20%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Bsymbol1%7D%3A%20%7BN%20-%20n2%7D%2C%20%7Bsymbol2%7D%3A%20%7Bn2%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20valid_methods%20%3D%20%22'cutoff'%2C%20'hemisphere'%2C%20'mixed'%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Invalid%20method%20'%7Bmethod%7D'.%20Valid%20options%20are%3A%20%7Bvalid_methods%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20return%20atoms%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20reactive%20state%20for%20surfaces%20list%0A%20%20%20%20get_surfaces%2C%20set_surfaces%20%3D%20mo.state(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%22h%22%3A%201%2C%20%22k%22%3A%200%2C%20%22l%22%3A%200%2C%20%22layers%22%3A%206%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%22h%22%3A%201%2C%20%22k%22%3A%201%2C%20%22l%22%3A%200%2C%20%22layers%22%3A%209%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%22h%22%3A%201%2C%20%22k%22%3A%201%2C%20%22l%22%3A%201%2C%20%22layers%22%3A%205%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20allow_self_loops%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Basic%20parameter%20UI%20elements%0A%20%20%20%20crystal_strucuture_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22fcc%22%2C%20%22bcc%22%2C%20%22sc%22%5D%2C%20value%3D%22fcc%22%2C%20label%3D%22Crystal%20Structure%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20symbol1_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22Au%22%2C%20%22Ag%22%2C%20%22Cu%22%2C%20%22Pt%22%2C%20%22Pd%22%5D%2C%20value%3D%22Au%22%2C%20label%3D%22Symbol%201%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20symbol2_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22Au%22%2C%20%22Ag%22%2C%20%22Cu%22%2C%20%22Pt%22%2C%20%22Pd%22%5D%2C%20value%3D%22Ag%22%2C%20label%3D%22Symbol%202%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20method_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22cutoff%22%2C%20%22hemisphere%22%2C%20%22mixed%22%5D%2C%20value%3D%22cutoff%22%2C%20label%3D%22Method%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20lattice_ui%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D2.0%2C%20value%3D4.09%2C%20step%3D0.01%2C%20label%3D%22Lattice%20constant%20(%C3%85)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20vacuum_ui%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0.0%2C%20value%3D10.0%2C%20step%3D0.5%2C%20label%3D%22Vacuum%20padding%20(%C3%85)%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Method-specific%20parameters%0A%20%20%20%20cutoff_ui%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%201.0%2C%2010.0%2C%20value%3D3.0%2C%20step%3D0.1%2C%20label%3D%22Cutoff%20distance%20(%C3%85)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20axis_x_ui%20%3D%20mo.ui.slider(-1.0%2C%201.0%2C%20value%3D1.0%2C%20step%3D0.1%2C%20label%3D%22Axis%20X%22)%0A%20%20%20%20axis_y_ui%20%3D%20mo.ui.slider(-1.0%2C%201.0%2C%20value%3D0.0%2C%20step%3D0.1%2C%20label%3D%22Axis%20Y%22)%0A%20%20%20%20axis_z_ui%20%3D%20mo.ui.slider(-1.0%2C%201.0%2C%20value%3D0.0%2C%20step%3D0.1%2C%20label%3D%22Axis%20Z%22)%0A%20%20%20%20ratio_ui%20%3D%20mo.ui.slider(0.0%2C%201.0%2C%20value%3D0.5%2C%20step%3D0.01%2C%20label%3D%22Symbol2%20ratio%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Surface%20management%20buttons%0A%20%20%20%20add_surface_btn%20%3D%20mo.ui.button(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Add%20Surface%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20_%3A%20set_surfaces(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lambda%20v%3A%20v%20%2B%20%5B%7B%22h%22%3A%201%2C%20%22k%22%3A%200%2C%20%22l%22%3A%200%2C%20%22layers%22%3A%205%7D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20remove_surface_btn%20%3D%20mo.ui.button(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Remove%20Last%20Surface%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20_%3A%20set_surfaces(lambda%20v%3A%20v%5B%3A-1%5D%20if%20len(v)%20%3E%201%20else%20v)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20helpers%0A%20%20%20%20def%20update_surface(i%2C%20key%2C%20new_value)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20set_surfaces(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lambda%20arr%3A%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%7B**s%2C%20key%3A%20int(new_value)%7D%20if%20idx%20%3D%3D%20i%20else%20s)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20idx%2C%20s%20in%20enumerate(arr)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20def%20remove_at(i)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20set_surfaces(lambda%20arr%3A%20arr%5B%3Ai%5D%20%2B%20arr%5Bi%20%2B%201%20%3A%5D)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20add_surface_btn%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axis_x_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axis_y_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axis_z_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20crystal_strucuture_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cutoff_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20get_surfaces%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lattice_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20method_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ratio_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20remove_at%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20remove_surface_btn%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20symbol1_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20symbol2_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20update_surface%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vacuum_ui%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(get_surfaces%2C%20mo%2C%20update_surface)%3A%0A%20%20%20%20def%20render_surface_ui()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rows%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20idx%2C%20surf%20in%20enumerate(get_surfaces())%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rows.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22h%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dsurf%5B%22h%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%2C%20i%3Didx%3A%20update_surface(i%2C%20%22h%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22k%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dsurf%5B%22k%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%2C%20i%3Didx%3A%20update_surface(i%2C%20%22k%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22l%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dsurf%5B%22l%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%2C%20i%3Didx%3A%20update_surface(i%2C%20%22l%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22layers%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dsurf%5B%22layers%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%2C%20i%3Didx%3A%20update_surface(i%2C%20%22layers%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.vstack(rows)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20axis_x_ui%2C%0A%20%20%20%20axis_y_ui%2C%0A%20%20%20%20axis_z_ui%2C%0A%20%20%20%20crystal_strucuture_ui%2C%0A%20%20%20%20cutoff_ui%2C%0A%20%20%20%20lattice_ui%2C%0A%20%20%20%20method_ui%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20ratio_ui%2C%0A%20%20%20%20symbol1_ui%2C%0A%20%20%20%20symbol2_ui%2C%0A%20%20%20%20vacuum_ui%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Display%20the%20UI%0A%20%20%20%20%23%20display%20the%20axis_x_ui%20etc%20only%20if%20method%20is%20hemisphere%0A%20%20%20%20method_ui_options%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20if%20method_ui.value%20%3D%3D%20%22cutoff%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20method_ui_options%20%3D%20%5Bcutoff_ui%5D%0A%20%20%20%20elif%20method_ui.value%20%3D%3D%20%22hemisphere%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20method_ui_options%20%3D%20%5Baxis_x_ui%2C%20axis_y_ui%2C%20axis_z_ui%5D%0A%20%20%20%20elif%20method_ui.value%20%3D%3D%20%22mixed%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20method_ui_options%20%3D%20%5Bratio_ui%5D%0A%0A%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20crystal_strucuture_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bsymbol1_ui%2C%20symbol2_ui%5D%2C%20justify%3D%22start%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20method_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lattice_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vacuum_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(method_ui_options)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(get_surfaces%2C%20mo%2C%20remove_at%2C%20update_surface)%3A%0A%20%20%20%20rows%20%3D%20mo.ui.array(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.array(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%20%20%23%20one%20row%20per%20surface%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22h%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dsurf%5B%22h%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%2C%20i%3Di%3A%20update_surface(i%2C%20%22h%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22k%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dsurf%5B%22k%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%2C%20i%3Di%3A%20update_surface(i%2C%20%22k%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22l%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dsurf%5B%22l%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%2C%20i%3Di%3A%20update_surface(i%2C%20%22l%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22layers%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dsurf%5B%22layers%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%2C%20i%3Di%3A%20update_surface(i%2C%20%22layers%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.button(label%3D%22Remove%22%2C%20on_change%3Dlambda%20_%2C%20i%3Di%3A%20remove_at(i))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20surf%20in%20enumerate(get_surfaces())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(rows%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(add_surface_btn%2C%20mo%2C%20remove_surface_btn%2C%20rows)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.hstack(row)%20for%20row%20in%20rows%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Badd_surface_btn%2C%20remove_surface_btn%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(get_surfaces%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20current_surfaces%20%3D%20%5B((s%5B%22h%22%5D%2C%20s%5B%22k%22%5D%2C%20s%5B%22l%22%5D)%2C%20s%5B%22layers%22%5D)%20for%20s%20in%20get_surfaces()%5D%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20**Current%20Surface%20Configuration%3A**%0A%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chr(10).join(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Surface%20%7Bi%7D%3A%20(%7Bspec%5B0%5D%5B0%5D%7D%2C%7Bspec%5B0%5D%5B1%5D%7D%2C%7Bspec%5B0%5D%5B2%5D%7D)%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20f%22with%20%7Bspec%5B1%5D%7D%20layers%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20spec%20in%20enumerate(current_surfaces)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20axis_x_ui%2C%0A%20%20%20%20axis_y_ui%2C%0A%20%20%20%20axis_z_ui%2C%0A%20%20%20%20crystal_strucuture_ui%2C%0A%20%20%20%20cutoff_ui%2C%0A%20%20%20%20get_surfaces%2C%0A%20%20%20%20lattice_ui%2C%0A%20%20%20%20method_ui%2C%0A%20%20%20%20ratio_ui%2C%0A%20%20%20%20symbol1_ui%2C%0A%20%20%20%20symbol2_ui%2C%0A%20%20%20%20vacuum_ui%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Get%20current%20values%20directly%20from%20UI%20elements%20for%20the%20cluster%20creation%0A%20%20%20%20surface_specs%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20((surface%5B%22h%22%5D%2C%20surface%5B%22k%22%5D%2C%20surface%5B%22l%22%5D)%2C%20surface%5B%22layers%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20surface%20in%20get_surfaces()%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20atoms%20%3D%20setup_cluster(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20symbol1%3Dsymbol1_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20symbol2%3Dsymbol2_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20method%3Dmethod_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20crystal_structure%3Dcrystal_strucuture_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20surface_specs%3Dsurface_specs%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20latticeconstant%3Dlattice_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cutoff%3Dcutoff_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axis_x%3Daxis_x_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axis_y%3Daxis_y_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20axis_z%3Daxis_z_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ratio%3Dratio_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vacuum%3Dvacuum_ui.value%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20atoms%20%20%23%20This%20will%20display%20the%20ASE%20atoms%20object%0A%20%20%20%20return%20(atoms%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(atoms%2C%20view_atoms)%3A%0A%20%20%20%20v%20%3D%20view_atoms(atoms)%0A%20%20%20%20v%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(atoms%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Cluster%20Summary%0A%0A%20%20%20%20-%20**Total%20atoms%3A**%20%7Blen(atoms)%7D%0A%20%20%20%20-%20**Composition%3A**%20%7Batoms.get_chemical_formula()%7D%0A%20%20%20%20-%20**Diameter%20(volume)%3A**%20%7Batoms.get_diameter(method%3D%22volume%22)%3A.2f%7D%22%20%20%C3%85%0A%20%20%20%20%20%20(diameter%20of%20a%20sphere%20with%20the%20same%20volume%20as%20the%20atoms.%0A%20%20%20%20-%20**Diameter%20(shape)%3A**%20%7Batoms.get_diameter(method%3D%22shape%22)%3A.2f%7D%20%C3%85%0A%20%20%20%20%20%20(averaged%20diameter%20calculated%20from%20the%20directions%20given%20by%20the%20defined%20surfaces.)%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(write)%3A%0A%20%20%20%20def%20save_atoms_to_file(atoms%2C%20filename%2C%20write_kwargs)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20write(filename%2C%20atoms%2C%20**write_kwargs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Cluster%20saved%20to%20%7Bfilename%7D%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(ast)%3A%0A%20%20%20%20def%20parse_kwargs_string(text%3A%20str)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Safely%20parse%20user%20input%20as%20a%20dict.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Accepts%20Python-style%20dicts%20(single%20or%20double%20quotes%2C%20True%2FFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20and%20JSON-style%20dicts.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%20%7B%7D%20if%20parsing%20fails.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20text%20%3D%20text.strip()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20text%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20literal_eval%20is%20safe%3A%20no%20arbitrary%20code%20execution%0A%20%20%20%20%20%20%20%20result%20%3D%20ast.literal_eval(text)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20isinstance(result%2C%20dict)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20result%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%7D%0A%20%20%20%20return%20(parse_kwargs_string%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(io%2C%20write)%3A%0A%20%20%20%20def%20atoms_to_contents(atoms%2C%20fmt%3A%20str%2C%20**write_kwargs)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Try%20to%20write%20Atoms%20in%20text%20mode%3B%20fall%20back%20to%20binary%20if%20needed.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%20str%20(for%20text)%20or%20bytes%20(for%20binary).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20_handle_single_atom_error(error_msg%3A%20str%2C%20format_name%3A%20str)%20-%3E%20ValueError%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Handle%20the%20specific%20error%20when%20format%20can%20only%20store%201%20Atoms%20object.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22can%20only%20store%201%20Atoms%20object%22%20in%20error_msg%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Format%20'%7Bformat_name%7D'%20can%20only%20store%201%20Atoms%20object.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Try%20adding%20'index'%3A%200%20to%20the%20write%20kwargs%20to%20select%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22the%20first%20structure%2C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22or%20use%20a%20format%20that%20supports%20multiple%20structures%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20(e.g.%2C%20'xyz'%2C%20'traj').%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Unable%20to%20write%20atoms%20in%20format%20'%7Bformat_name%7D'%3A%20%7Berror_msg%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20_try_write(buffer_type%2C%20buffer_class)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Attempt%20to%20write%20to%20the%20given%20buffer%20type.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20buf%20%3D%20buffer_class()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20write(buf%2C%20atoms%2C%20format%3Dfmt%2C%20**write_kwargs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20buf.getvalue()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20(TypeError%2C%20UnicodeDecodeError)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20ValueError%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Format-specific%20errors%20should%20be%20handled%20immediately%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20_handle_single_atom_error(str(e)%2C%20fmt)%20from%20e%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Any%20other%20unexpected%20error%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Unexpected%20error%20writing%20%7Bbuffer_type%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20f%22format%20'%7Bfmt%7D'%3A%20%7Bstr(e)%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%20from%20e%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Try%20text%20mode%20first%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_try_write(%22text%22%2C%20io.StringIO)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20(TypeError%2C%20UnicodeDecodeError)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Fall%20back%20to%20binary%20mode%20for%20encoding%20issues%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20ValueError%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Format%20errors%20should%20not%20fall%20back%20to%20binary%20-%20re-raise%20immediately%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Try%20binary%20mode%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_try_write(%22binary%22%2C%20io.BytesIO)%0A%20%20%20%20return%20(atoms_to_contents%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(atoms%2C%20atoms_to_contents%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20write_formats%20%3D%20%5B%22xyz%22%2C%20%22cif%22%2C%20%22vasp%22%2C%20%22extxyz%22%5D%0A%20%20%20%20fmt_dropdown%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dwrite_formats%2C%20value%3D%22cif%22%2C%20label%3D%22Output%20format%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20def%20make_download(fmt_choice%2C%20file_prefix%3D%22converted_structure%22%2C%20write_kwargs%3DNone)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20contents%20%3D%20atoms_to_contents(atoms%2C%20fmt_choice%2C%20**write_kwargs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.download(contents%2C%20filename%3Df%22%7Bfile_prefix%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20output_kwargs_text%20%3D%20mo.ui.text_area(label%3D%22Output%20kwargs%22%2C%20value%3D%22%7B%7D%22)%0A%20%20%20%20return%20fmt_dropdown%2C%20make_download%2C%20output_kwargs_text%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(fmt_dropdown%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20output_file_name%20%3D%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Output%20File%20Name%22%2C%20value%3Df%22converted_file.%7Bfmt_dropdown.value%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(output_file_name%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20atoms%2C%0A%20%20%20%20fmt_dropdown%2C%0A%20%20%20%20make_download%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20output_file_name%2C%0A%20%20%20%20output_kwargs_text%2C%0A%20%20%20%20parse_kwargs_string%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20output_kwargs%20%3D%20parse_kwargs_string(output_kwargs_text.value)%0A%20%20%20%20download_link%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20make_download(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fmt_dropdown.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20file_prefix%3Doutput_file_name.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20write_kwargs%3Doutput_kwargs%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20atoms%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%20mo.md(%22Create%20a%20cluster%20to%20enable%20download.%22)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20%F0%9F%92%BE%20Save%20Cluster%20to%20File%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fmt_dropdown%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20output_file_name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20output_kwargs_text%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20download_link%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20justify%3D%22center%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A